Bischof Reginbert von Brixen regulierte 1138 ein bestehendes Kollegiatstift. Er übertrug den Prämonstratensern die Pfarre Wilten zur seelsorglichen Betreuung. Im 13. Jahrhundert kamen die Pfarren Ampass und Patsch hinzu. Aus diesen drei Pfarren entwickelten sich die 22 Pfarreien, die das Stift heute betreut, wobei im 20. Jahrhundert einige Pfarren im  Stadtgebiet von Innsbruck an die Diözese abgegeben wurden..
Die Stiftsgebäude samt Kirche wurden in der Barockzeit in die heutige Form umgestaltet. Im Jahr 1665 konnte die heutige Stiftskirche eingeweiht werden.

Für die Dotation des Benediktinerstifts Admont hat der Gründer Erzbischof Gebhard von Salzburg 1074 nach späterer Überlieferung auch eine Schenkung der hl. Hemma von Gurk herangezogen. Die ersten Mönche wurden aus der Benediktinerabtei St. Peter in Salzburg entsandt. Im Hochmittelalter wurde Admont ein monastisches Zentrum für den gesamten süddeutsch-österreichischen Raum. Im Zuge der Hirsauer Reform wurden von Admont 25 Abteien reformiert, eine berühmte Schreibschule entstand in Admont.

Markgraf Leopold II. wandelte 1089 ein in Melk bereits bestehendes älteres Kanonikatstift in ein Benediktinerkloster um. Im Anschluss an das Konzil von Konstanz und auf Betreiben Herzog Albrechts V. wurde Melk im 15. Jahrhundert zum Zentrum der Reform und Erneuerung der benediktinischen Klöster Österreichs („Melker Reform“). Das Benediktinerstift wurde unter Abt Berthold Dietmayr (1700–1739) als Klosterpalast in imposanter Lage neu erbaut. Federführender Baumeister war Jakob Prandtauer.

715 gründete Bischof Rupert von Worms im Auftrag des Bayernherzogs Theodor das Benediktinerinnenstift Nonnberg, das älteste ununterbrochen bestehende Frauenkloster nördlich der Alpen. Grundungsäbtissin war die hl. Erentrudis, vermutlich eine Verwandte des hl. Rupert. 1242 erhielt die Äbtissin Gertraud von Stein die Pontifikalien für sich und ihre Nachfolgerinnen durch Fürsterzbischof Eberhard II.

Das Zisterzienserkloster Stams wurde 1273 von Graf Meinhard II. von Görz-Tirol zum Gedächtnis an den letzten Staufer Konradin als Grablege der Tiroler Landesfürsten gegründet. Die Barock- und Rokokoausstattung des Klosters stammt aus der Zeit zwischen 1650 und 1750. Eine Klosterschule ist seit dem 17. Jahrhunderts nachweisbar. 1807 wurde das Kloster aufgehoben und 1816 unter Kaiser Franz I. wieder errichtet. 1938 wurde das Stift von den nationalsozialistischen Machthabern erneut aufgehoben. 1945 gab es einen Neubeginn.

Das Zisterzienserkloster Zwettl wurde 1138 von Hadmar I. von Kuenring als erste Tochtergründung des Stiftes Heiligenkreuz gestiftet. Die Klosterkirche wurde 1159 eingeweiht. 1427 wurde das Kloster durch die Hussiten zerstört. Die barocke Erneuerung erfolgte unter Einbeziehung der romanischen Bauteile unter Abt Melchior Zaunagg von 1720 bis 1740 durch Josef Munggenast und Matthias Steinl.

Das Zisterzienserkloster in Heiligenkreuz nahe Wien wurde 1133 vom österreichischen Markgrafen Leopold III. (heiliggesprochen 1485) als Grablege seiner Familie, der Babenberger, gegründet. Von Heiligenkreuz aus wurden in der Folge weitere Zisterzen besiedelt: Zwettl (1138), Baumgartenberg (1142), Czikador (1142), Marienberg (1197), Lilienfeld (1202), Goldenkron (1263) und Neuberg an der Mürz (1327). Im 17. und 18. Jahrhundert erhielt die (äußere) Klosteranlage von Heiligenkreuz ihr heutiges Aussehen. Vom 18.

Im Jahr 1202 stiftete Leopold VI., Herzog von Österreich und Steier die Zisterzienserabtei Lilienfeld. Mönche aus dem Zisterzienserkloster Heiligenkreuz besiedelten die Neugründung. Im 17. und 18. Jahrhundert entstanden mehrere barocke Zubauten zum mittelalterlichen Klosterkomplex. Kaiser Josef II. hob 1789 das Stift Lilienfeld auf. Doch bereits 1790 wurde die Abtei durch Kaiser Leopold II. wiedererrichtet. Während der nationalsozialistischen Herrschaft mussten die Patres ihren Wohntrakt verlassen und der NSDAP zur Verfügung stellen.

Durch die Bestätigung von Papst Innozenz II. im Jahr 1138 wurde die klösterliche Gemeinschaft in St. Georgenberg, die seit dem 10. Jahrhundert bestand, zu einer Benediktinerabtei. Die Reliquie des heiligen Georg in der Klosterkirche bedingte im Mittelalter ein reges Wallfahrtswesen. Nach mehreren Bränden siedelten die Mönche vom Georgsberg ab und ließen ihr Kloster 1705 an einem neuen Standort in Fiecht wiedererrichten. 1807 wurde das Kloster von der Bayerischen Regierung aufgehoben, 1816 wurde es wieder besiedelt.