Bischof Otto von Bamberg gründete auf Besitzungen seines Bistums in Kärnten, am Ort der vormaligen Eppensteiner Burg Arnoldstein, 1106/07 ein Benediktinerkloster. Die ersten Mönche kamen von der Bamberger Abtei Michelsberg, der erste Abt stammte aus der Abtei St. Paul im Lavanttal. Das Kloster machte die damals noch spärlich besiedelten Liegenschaften urbar und erhielt auch die Mauteinkünfte aus dem Kanaltal, dem Transit nach Italien. Das Kloster wurde das ganze Mittelalter in die Auseinandersetzungen zwischen dem Hochstift Bamberg und dem Kärntner Adel hineingezogen.

Der erste gesicherte Nachweis über ein Augustiner-Chorherrenkloster an einer älteren Andreaskirche und Sitz eines salzburgischen Archidiakons im Lavanttal datiert aus dem Jahr 1225. Drei Jahre später erfolgte die Errichtung eines Salzburger Eigenbistums mit Sitz beim Chorherrenstift St. Andrä, wobei die Chorherren das Domkapitel formten und der Propst das Amt des Archidiakons innehatte. Eine Domschule ist in St. Andrä seit dem 14. Jahrhundert nachgewiesen. Der Bischof, der vom Erzbischof von Salzburg ernannt wurde, residierte zeitweilig in der Burg Lavant im salzburgisches Friesach.

Kaiser Ferdinand II. übereignete 1598 das ehemalige Benediktinerkloster und nachmaligen Sitz des St. Georgs-Ritterordens dem Grazer Jesuitenkolleg. Zum Kloster gehörte eine große Grundherrschaft mit Besitzungen in Ober- und Mittelkärnten, fast das gesamte Mürztal, Güter im Ennstal und auch Kirchen und Kapellen. Die neue Residenz diente als wirtschaftliche Grundlage des Grazer Kollegs und stand unter der Leitung des Grazer Rektors.

Die aus dem bayerischen Adelsgeschlecht der Aribonen stammenden Brüder Aribo und Poto gründeten um 1077 ein Benediktinerkloster an ihrer Kirche in Millstatt unter dem Titel St. Salvator. Das neue Kloster erhielt von seinen Stiftern einen geschlossenen Landstrich zwischen dem Millstätter See, dem Gute Kraut (später Landgericht Sommereck), der Millstätter Alpe und dem Gebiete von Kleinkirchheim sowie den Hof Eberstein in Unterkärnten. Graf Boto, der Bruder Aribos, schenkte dem Kloster Güter im Pinzgau und den Hof Schwarzenbach im Pongau.

Das Benediktinerkloster Ossiach wurde 1024 von den Eltern des Patriarchen von Aquileja Poppo gegründet. Dieser versuchte, das Stift, das im salzburgisch beeinflussten Teil Kärntens lag, unter den Einfluss seines Patriarchats zu stellen. Dies wurde ihm 1028 von Kaiser Konrad II. bestätigt. Diese Stellung Ossiachs als Eigenkloster Aquilejas blieb bis in das 13. Jahrhundert aufrecht. 1484 wurden Kloster und Kirche durch einen Brand nahezu völlig zerstört. Ein damals vor Ort bestehender Frauenkonvent wurde danach aufgelöst.

Auf Bitten des Grafen Engelbert von Spanheim entsandte das schwäbische Reformkloster Hirsau 1091 Mönche für die Gründung eines Benediktinerklosters in St. Paul im Lavanttal. Sein Stiftungsgut sowie sein Skriptorium und seine Schule machten St. Paul bald zur bedeutendsten Kärntner Klostergründung des Mittelalters. Im 16. Jahrhundert erlebte das Stift unter Abt Hieronymus Marchstaller eine Blüte, dieser Abt war sehr baufreudig und errichtete das Kloster in seiner heutigen Form. 1787 löste Kaiser Josef II.

Die Kongregation der Kreuzliebenden Schwestern wurde 1840 in Vietnam gegründet, wo sich heute das Generalat befindet. In Österreich arbeiteten Ordensschwestern für einige Jahre (bis 2014) im Krankenhaus der Barmherzigen Brüder in St. Veit an der Glan.

Der Orden der Ursulinen wurde 1535 von Angela Merici (1470-1540) in Italien gegründet. Die Ursulinen sind der älteste weibliche Schulorden.
Die Kaiserinwitwe Eleonora von Gonzaga stiftete das erste österreichische Ursulinenkloster 1660 in Wien. Von dort aus entstanden Niederlassungen in Klagenfurt (1670), Linz (1679), Graz (1686), Innsbruck (1691), Salzburg (1695) und Bruneck (1743).