1993 erlaubte der Erzbischof von Salzburg Georg Eder die Gründung eines neuen Klosters in St. Gilgen. Die Franziskanerinnen von Au am Inn stellten ihr ehemaliges Kinderheim Gut Aich für diesen Neuanfang zur Verfügung. 2004 stimmte die Österreichische Benediktinerkongregation der endgültigen kanonischen Errichtung zu.

Das Kloster St. Peter in der Stadt Salzburg ist das älteste durchgängig bestehende Kloster im deutschsprachigen Raum und eine Gründung des hl. Rupert aus dem Jahr 696. Unter Virgil (745–784) wurde das Verbrüderungsbuch St. Peters angelegt. Es ist das älteste Buch Österreichs. Unter Abt Arn (785-821, Erzbischof 798) entstanden die ältesten Salzburger Güterverzeichnisse. Im Jahr 987 wurde die Personalunion des Abtes von St. Peter und des Erzbischofs von Salzburg gelöst.

715 gründete Bischof Rupert von Worms im Auftrag des Bayernherzogs Theodor das Benediktinerinnenstift Nonnberg, das älteste ununterbrochen bestehende Frauenkloster nördlich der Alpen. Grundungsäbtissin war die hl. Erentrudis, vermutlich eine Verwandte des hl. Rupert. 1242 erhielt die Äbtissin Gertraud von Stein die Pontifikalien für sich und ihre Nachfolgerinnen durch Fürsterzbischof Eberhard II.

Die Mönchszellen, die im 8. und 9. Jahrhundert bereits bestanden, lassen sich durch die schriftlich nachweisbare Weihe der Stiftskirche im Jahr 1072 konkret fassen. Im gleichen Jahr wurde ein dem Männerkloster angeschlossener Frauenkonvent ausgestattet. Eine Schule ist bereits im 13. Jahrhundert belegt. Nach Reformation und Dreißigjährigem Krieg gelang unter Abt Michael Trometer (1637-1676) eine Erneuerung des Klosters.

Der Orden wurde 1815 von Kaspar del Bufalo in Italien für die Volksmission gegründet. Seit 1834 besteht mit den „Anbeterinnen des Blutes Christi“ ein weiblicher Zweig.
1922 übernahm der Orden die Wallfahrtskirche Maria Hilf in Kufstein. Im gleichen Jahr wurde die deutsche Provinz gegründet. Salzburg ist seit 1947 Sitz der Provinz.

Der französische Priester Julius Chevalier gründete 1854 die Gemeinschaft der Herz-Jesu-Missionare in Issodun (Frankreich). Mit der Niederlassung 1888 in Salzburg-Lieferung entstand das älteste deutsche Missionshaus, da Neugründungen in Deutschland wegen des Kulturkampfes nicht möglich waren. 1901 wurde das Kloster in Innsbruck bezogen, 1925 wurde Salzburg Sitz der süddeutsch-österreichischen Provinz.

Bereits zu Lebzeiten des hl. Franz von Assisi kamen die ersten Minderbrüder in das Gebiet des heutigen Österreichs.

Der Orden der Ursulinen wurde 1535 von Angela Merici (1470-1540) in Italien gegründet. Die Ursulinen sind der älteste weibliche Schulorden.
Die Kaiserinwitwe Eleonora von Gonzaga stiftete das erste österreichische Ursulinenkloster 1660 in Wien. Von dort aus entstanden Niederlassungen in Klagenfurt (1670), Linz (1679), Graz (1686), Innsbruck (1691), Salzburg (1695) und Bruneck (1743).

Die Kongregation wurde 1930 in Großpriesen/Velké Březno von Gräfin Ada Chotek (Sr. M. Annuntiata) gegründet, einer ehemaligen Sacré-Coeur-Schülerin (Kloster Riedenburg). 1937 wurde die Gemeinschaft approbiert. 1946 musste der Orden die Tschechoslowakei verlassen und die Schwestern fanden Zuflucht in Salzburg. 1957 wurde ihnen ein Baugrund für ein Kloster in Salzburg-Herrnau zugewiesen. Die Schwestern sind Mitarbeiterinnen in verschiedenen Salzburger Pfarren.

Die „Kongregation der Schulschwestern vom Dritten Orden des hl. Franziskus“ wurde 1723 von Maria Theresia Zechner (1697-1763) in Hallein gegründet und widmete sich der Betreuung der Kinder der Salinenarbeiter. 1845 wurden Schwestern der Kongregation von Kaiserin Carolina Augusta nach Wien berufen, nachdem die Kaiserin bereits eine Kinderbewahranstalt in Hallein gestiftet hatte. 1853 bildeten die Wiener Schulschwestern (Wien-Erdberg) einen selbstständigen Zweig, 1856 kam die nächste Gründung, die Franziskanerinnen von Amstetten.