Gegründet wurde die Gemeinschaft vor den Toren Akkons im Jahre 1190 als Hospitalbruderschaft, aus der dann sehr schnell ein Ritterorden wurde. Es folgte eine rasche Ausbreitung rund um das Mittelmeer und bis nach Preußen und ins Baltikum, wo ein eigener Ordensstaat entsteht. Dort wird nach dem Fall des Heiligen Landes (1291), nachdem Venedig für 18 Jahre Sitz des Ordens war, auf der Marienburg (später Königsberg) der Hauptsitz des Ordens errichtet.

Der Malteserorden hat seinen Ursprung in einer Bruderschaft, die um 1099 am Pilgerhospiz St. Johannes in Jerusalem entstanden ist („Johanniter“), Als Ordensgründer wird der Leiter des Hospiz, der Selige Gerhard (gest. 1120) verehrt. 1113 wurde der Hospitalorden erstmals päpstlich privilegiert. Im Jahr 1146 wurde die erste österreichische Kommende im niederösterreichischen Mailberg errichtet, heute die älteste Besitzung des Ordens weltweit. 1255 wurde der Kommende Mailberg in die Kirche in Harras inkorporiert.